Les résidents du Sud-Soudan ont la possibilité de poursuivre des études supérieures dans une université ou soit une école professionnelle. Bien qu'il y ait une pénurie de ces deux institutions, plusieurs programmes sont en place pour élargir le paysage actuel de l'enseignement supérieur dans le Sud-Soudan.

Le master est une formation universitaire qui dure généralement deux ans et qui mêle cours théoriques et recherche. Elle se conclut généralement par la rédaction d'un projet de mémoire. Grâce à ce programme, les étudiants sont en mesure de se spécialiser dans le domaine qui les intéresse.